AN OPTIMIZED PROTOCOL FOR IN VACUO MOLECULARDYNAMICS SIMULATION AND TRAJECTORYANALYSIS OF MODIFIED DNA DUPLEXES - Repozytorium PCSS

Przejdź do menu głównego
Przejdź do wyszukiwarki
Przejdź do treści
Przejdź do stopki

Pobierz

Tytuł: AN OPTIMIZED PROTOCOL FOR IN VACUO MOLECULARDYNAMICS SIMULATION AND TRAJECTORYANALYSIS OF MODIFIED DNA DUPLEXES

Twórca:

Adamiak Ryszard W.

Typ zasobu:

Współtwórca:

Lukasz Bielecki

Abstrakt:

This paper presents an optimized protocol for in vacuo molecular dynamics studies of short DNAduplexes containing modified nucleosides. The example studied is an 11 base pair DNA duplex modifiedwith l,N6-ethenodeoxyadenosine (dεA) located opposite deoxyguanosine. A complex moleculardynamics trajectory was subjected to statistical cluster analysis. Groups (clusters) of similarconformations, which can be statistically identified after energy minimization of the trajectory results,have been analyzed with particular regard to the estimation of intrinsic stability of the duplex (hydrogenbonding and base stacking). The modified residue was found to form two hydrogen bonds within thed ε A / d G base pair, which stabilize the duplex, thus allowing its conformation to remain close to regularB-DNA.

Miejsce wydania:

Wydawca:

Format:

application/pdf

Identyfikator zasobu:

oai:lib.psnc.pl:475

Język:

Kolekcje, do których przypisany jest obiekt:

Data ostatniej modyfikacji:

29 lip 2014

Data dodania obiektu:

21 maj 2014

Liczba wyświetleń treści obiektu:

303

Wszystkie dostępne wersje tego obiektu:

https://lib.psnc.pl/publication/565

Wyświetl opis w formacie RDF:

Wyświetl opis w formacie OAI-PMH:

Volume 2(1) 1996

Nazwa wydania	Data
10.12921_cmst.1996.02.01.7-16_Adamiak	29 lip 2014

Dane kontaktowe

Adres

Poznańskie Centrum Komputerowo-Sieciowe
ul. Jana Pawła II 10
61-139 Poznań
Polska

Telefon

(+48 61) 858-20-01
(+48 61) 852-59-54

E-Mail

Odwiedź nas!

https://dingo.psnc.pl

Ta strona wykorzystuje pliki 'cookies'. Więcej informacji