Głównym zadaniem Działu Administracyjno-Finansowego PCSS jest koordynacja prac związanych z bieżącą działalnością Centrum, finansowaniem projektów, rozliczaniem umów i przetargów. Dział jest także odpowiedzialny za organizację administracyjną pracowników PCSS, a także za planowanie finansowe prac Konsorcjum PIONIER.