Po poprawnym zakończeniu działania instalatora i zainicjalizowaniu bazy danych należy przenieść skonfigurowane komponenty systemu we właściwe lokalizacje. Poniżej opisano tę czynność dla każdego z elementów systemu.
W wyniku instalacji w docelowym katalogu powstaje podkatalog o nazwie dlibra-server-[numer.wersji], zwanym dalej katalogiem głównym serwera. Zawiera on przygotowany do uruchomienia serwer systemu dLibra. Serwer może być uruchomiony bezpośrednio w katalogu, w którym został umieszczony w procesie instalacji. Można też przenieść ten katalog w dowolne inne miejsce na dysku. Dopuszczalna jest zmiana nazwy katalogu z dlibra-server-[numer.wersji] na dowolną inną.
Jeżeli używanym kontenerem serwletów jest zalecany Apache Tomcat, to w najprostszym przypadku katalog dlibra-webapp-[numer.wersji] z Aplikacją Czytelnika należy przenieść z katalogu docelowego instalatora do podkatalogu webapps w katalogu, w którym został zainstalowany Tomcat. Można też tak skonfigurować Tomcata, aby wykorzystywał Aplikację Czytelnika umieszczoną dowolnym innym miejscu na dysku poprzez przygotowanie odpowiedniego pliku kontekstu w podkatalogu conf/Catalina/localhost. Plik taki może przykładowo nazywać się dlibra.xml, a w najprostszym przypadku jego zawartość może być następująca:
<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>
<Context displayName="dLibra"
docBase="<ścieżka do katalogu z Aplikacją Czytelnika>"
path="/dlibra">
W przypadku używania innego kontenera serwletów, sposób osadzenia Aplikacji Czytelnika w kontenerze należy sprawdzić w dokumentacji tego kontenera.