Główne okno Aplikacji Administratora składa się z dwóch części. Drzewo biblioteki znajdujące się po lewej stronie udostępnia takie zasoby biblioteki jak użytkownicy biblioteki, grupy i schematy atrybutów, jak również zapewnia dostęp do katalogu zawartości biblioteki. Okna własności wyświetlane po prawej stronie opisują aktualnie wybrany element w drzewku biblioteki.
Drzewo Biblioteki składa się z zasobów biblioteki, katalogów biblioteki i kolekcji biblioteki, reprezentowanych jako osobne poddrzewa.
Poddrzewo zasobów biblioteki składa się z węzłów następujących typów:
węzeł użytkowników - zawiera węzły przedstawiające użytkowników
biblioteki.
węzeł
użytkownika - reprezentuje pojedynczego użytkownika
biblioteki.
węzeł grup - zawiera węzły przedstawiające grupy
użytkowników.
węzeł grupy
użytkowników - reprezentuje pojedynczą grupę użytkowników
biblioteki.
węzeł grup LDAP - zawiera węzły przedstawiające
grupy LDAP - widoczny tylko wtedy gdy dLibra
skonfigurowana jest tak aby używać grup LDAP
węzeł grupy LDAP - przedstawia jedną grupę
LDAP
węzeł
atrybutów - zawiera węzły przedstawiające atrybuty zdefiniowane w
bibliotece.
węzeł
atrybutu - reprezentuje pojedynczy atrybut zdefiniowany w
bibliotece.
zarządzanie
językami - umożliwia zarządzanie określonym typem języków.
Poza węzłem reprezentującymi zasoby, drzewo biblioteki zawiera węzeł udostępniający zawartość biblioteki. Struktura tego węzła została dokładnie opisana w sekcji Aplikacja Redaktora. Funkcjonalność jest jednak ograniczona wyłącznie do zarządzania prawami dla wszystkich elementów. Nie jest widoczna również zawartość żadnej z publikacji.
„Drzewo Kolekcji” umieszczone jest pod węzłem
Kolekcje biblioteki. Składa się ono z węzłów tylko
jednego typu - 
węzłów kolekcji, reprezentujących kolekcje biblioteki. Kolekcje są
zgrupowane w strukturze hierarchicznej. Każda kolekcja może zawierać
dowolną liczbę kolekcji podrzędnych. Na każdym poziomie tej struktury
kolekcjom można przypisywać publikacje. Do każdej kolekcji może należeć
dowolna liczba publikacji. Przynależność publikacji do danej kolekcji
implikuje także jej przynależność do wszystkich kolekcji nadrzędnych aż
do kolekcji głównej biblioteki włącznie. Z węzłem każdej kolekcji
związane jest menu kontekstowe, które umożliwia szybki dostęp do trzech
operacji: dodania, usunięcia oraz odświeżenia kolekcji. Menu to
wywoływane jest po kliknięciu na węźle kolekcji prawym przyciskiem
myszy. Wybierając kolekcję, na panelu właściwości możemy zmieniać
właściwości tej kolekcji (
), przypisywać publikacje (???) oraz
prawa do niej (???).
Z każdym węzłem na drzewie biblioteki związane jest menu kontekstowe, które zapewnia szybki dostęp do operacji najczęściej wykonywanych na danym elemencie (np. tworzenie nowego katalogu).
Podobnie jak w przypadku „Drzewa Katalogów” (zobacz Aplikacja Redaktora) w dolnej części „Drzewa Biblioteki” znajduje się przycisk służacy do ukrywania węzłów. Obecnie możliwe jest ukrywanie węzłów użytkowników.