Wszystkie dokumenty przechowywane w bibliotece dLibra są ułożone w hierarchiczną strukturę katalogów. Każdy katalog może zawierać dowolną ilość dokumentów lub katalogów podrzędnych. Katalogi wprowadzają w bibliotece porządek strukturalny. W większości przypadków dokumenty będą przypisane do katalogów według ich właściciela, lub np. działu firmy, do którego należą.

Struktura biblioteki zorganizowana w katalogi widoczna jest jedynie w programie administratora i redaktora dlatego czytelnik nie ma do niej dostępu. Dzięki takiemu podejściu redaktor może w dowolny sposób konstruować strukturę biblioteki bez wpływu na to jak widzi bibliotekę czytelnik.