Katalogi są jedynie elementem porządkującym zbiór dokumentów wewnątrz biblioteki widzianą jedynie przez administratorów i redaktorów biblioteki. Strukturę logiczną, widzaną przez czytelnika zapewnia natomiast mechanizm kolekcji. W systemie dLibra może istnieć dowolna liczba kolekcji a ich struktura jest hierarchiczna. Każda kolekcja może się składać z dowolnej liczby kolekcji podrzędnych. Do danej kolekcji może należeć dowolna liczba dokumentów (publikacji), a jeden dokument może należeć do dowolnej liczby kolekcji. Kolekcje są zazwyczaj tworzone tematycznie (np. Materiały dydaktyczne i podrzędne względem niej kolekcje Biologia lub Informatyka).