Wszystkie dokumenty przechowywane w bibliotece dLibra są ułożone w hierarchiczną strukturę katalogów. Każdy katalog może zawierać dowolną ilość dokumentów lub katalogów podrzędnych. Katalogi wprowadzają w bibliotece porządek strukturalny. W większości przypadków dokumenty będą przypisane do katalogów według ich właściciela, lub np. działu firmy, do którego należą.

Ponieważ jednak nie wszyscy użytkownicy biblioteki będą mieli dostęp do każdego katalogu dLibra, widok drzewka biblioteki u każdego użytkownika może się różnić w zależności od jego praw do obiektów biblioteki.

Struktura biblioteki zorganizowana w katalogi widoczna jest jedynie w programie administratora i redaktora dlatego czytelnik nie ma do niej dostępu. Dzięki takiemu podejściu redaktor może w dowolny sposób konstruować strukturę biblioteki bez wpływu na to jak widzi bibliotekę czytelnik.