Katalogi są elementem porządkującym zbiór obiektów cyfrowych wewnątrz biblioteki widzianym jedynie przez administratorów i redaktorów biblioteki. Strukturę logiczną, widzaną przez czytelnika zapewnia mechanizm kolekcji. W systemie dLibra może istnieć dowolna liczba kolekcji a ich struktura jest hierarchiczna. Każda kolekcja może się składać z dowolnej liczby kolekcji podrzędnych. Do danej kolekcji może należeć dowolna liczba obiektów cyfrowych, a jeden obiekt może należeć do dowolnej liczby kolekcji. Kolekcje są zazwyczaj tworzone tematycznie (np. Materiały dydaktyczne i podrzędne względem niej kolekcje Biologia i Informatyka).